Los fondos de la Colección fotográfica están compuestos por imágenes que capturan parte de los procesos históricos de la educación chilena. La fuerza de este archivo visual se nutre de las vivencias de hombres y mujeres desconocidos/as que plasmaron en imágenes su cotidianidad. Sus fotografías construyen, deconstruyen y reconstruyen la memoria desde la intimidad de sus anónimos protagonistas.
La colección fotográfica del Museo posee alrededor de 6.000 imágenes referentes a la educación chilena, las que están digitalizadas, catalogadas y documentadas, constituyendo un elemento fundamental para la historiografía de hoy, porque permiten aproximarse a la educación tanto desde la institucionalidad de la escuela (recintos escolares, disposición del espacio, mobiliario, principios y herramientas didácticas, contenidos curriculares, entre otros), como de las dinámicas que se generan fuera de ella (diversidad de contextos, profesores y alumnos, ceremonias públicas, giras de estudios, colonias escolares, etc.).
Las fotografías del archivo están disponibles en una base de datos para su revisión en el Museo.